L'histoire du Castelnau Le Crès FC commence avant sa création officielle en 1995 avec deux clubs voisins de l'Hérault : l'Entente Crèssoise et l'Entente de Castelnau. L'Entente Crèssoise s'était notamment illustrée au plus haut niveau régional, avec près de vingt années en Division d'Honneur et un remarquable parcours en Coupe de France 1986, qui l'avait conduite jusqu'aux 16es de finale. De son côté, l'Entente de Castelnau s'était particulièrement distinguée par la qualité de sa formation et de son encadrement des jeunes.
En 1995, les deux clubs fusionnent pour donner naissance au Castelnau Le Crès Football Club. Le nouveau club débute directement en Division d'Honneur lors de la saison 1995-1996 et s'impose progressivement comme l'une des formations importantes du football régional. Cette fusion permet également au club de développer une politique de formation reconnue, avec plusieurs distinctions de meilleur club amateur de jeunes du Languedoc-Roussillon.
L'année 2003 marque l'apogée de cette première période. Champion de Division d'Honneur du Languedoc-Roussillon et vainqueur de la Coupe de la Ligue régionale, le Castelnau Le Crès FC accède pour la première fois au niveau national, en CFA 2. Le club évolue pendant trois saisons à cet échelon, de 2003 à 2006, avant de retrouver les championnats régionaux. Cette période reste l'une des plus importantes de l'histoire du football à Castelnau-le-Lez et au Crès.
