Le Club Athlétique de Pontarlier (CA Pontarlier) est l'un des clubs historiques du football du Haut-Doubs. Ses origines remontent à 1911, année de la création de l'Union Sportive de Pontarlier. Après la Première Guerre mondiale, le club est reconstruit sous le nom d'Union Sportive Pontissalienne et connaît une première période faste au cours des années 1920. En 1930, l'USP devient officiellement le Club Athlétique de Pontarlier (CAP), tandis que la même année voit la construction du stade des Épinettes, aujourd'hui connu sous le nom de stade Paul Robbe. Durant les années 1930, le club s'installe parmi les bonnes équipes du championnat de Franche-Comté et ses équipes de jeunes obtiennent également plusieurs titres régionaux.
Après la Seconde Guerre mondiale, le CA Pontarlier s'affirme comme une formation régulière de l'élite régionale. Le club évolue notamment au plus haut niveau franc-comtois dans les années 1950, avant de connaître une période plus difficile à la fin de la décennie. Il retrouve l'élite régionale en 1969 et poursuit ensuite son parcours dans les championnats de Ligue. Le CAP se distingue également en Coupe de France, avec notamment un septième tour atteint en 1987, à l'occasion d'un match très suivi face au FC Sochaux-Montbéliard, disputé devant près de 4 000 spectateurs. L'équipe fanion atteint de nouveau le septième tour en 1997 et 2001.
Le début des années 2000 marque un tournant dans l'histoire du CA Pontarlier. En 2001, l'équipe première accède à la Division d'Honneur et Jean-Luc Courtet, ancien joueur professionnel, rejoint le club pour prendre en charge le secteur technique. Sous son impulsion, la formation et l'école de football prennent une place importante dans le projet du CAP. Au terme de la saison 2003-2004, Pontarlier remporte le championnat de Franche-Comté et accède pour la première fois de son histoire à un championnat national, le CFA 2 (cinquième niveau français, aujourd'hui National 3). Pour sa première saison à ce niveau, le club termine à la dixième place et assure son maintien. Le CAP remporte également les Coupes de Franche-Comté 2004 et 2005.
Le CA Pontarlier s'installe progressivement dans le paysage du football national amateur et connaît une nouvelle période forte à la fin des années 2010. Après plusieurs saisons en CFA 2 puis en National 3, le club remporte son groupe lors de la saison 2017-2018 et accède au National 2, soit le quatrième niveau national. Le CAP s'illustre également régulièrement en Coupe de France, compétition dans laquelle son parcours constitue l'une des particularités de son histoire récente. En janvier 2024, le club atteint notamment les 16es de finale et affronte l'Olympique Lyonnais. Cette longévité au niveau national et ses nombreux parcours en Coupe de France ont contribué à faire du CA Pontarlier une référence du football amateur en Franche-Comté.
NATIONAL
- 1 x Champion National 3 Bourgogne-Franche-Comté : 2018
RÉGIONAL
- 3 x Champion Ligue Franche-Comté : 2004, 2011, 2016
- 1 x Champion Ligue Bourgogne-Franche-Comté, gr.B : 2020
- 2 x Vainqueur Coupe de Franche-Comté : 2004, 2005
