Le club est fondé en 1913 par Géo Dumonteil, qui décède plus tard sur le champ de bataille lors de la Première Guerre mondiale.
Il s'impose au fil des décennies comme l'un des clubs les plus importants du département des Yvelines en nombre de licenciés. Le club dépasse régulièrement les 1 000 adhérents et possède une structure de formation reconnue dans la région.
Le fait d'armes le plus célèbre du club intervient en janvier 2018, lorsque Houilles AC atteint les 32es de finale de la Coupe de France. En tant que « petit poucet » de la compétition, l'équipe affronte l'US Concarneau devant un stade Maurice-Baquet comble.