L’Union Sportive Coteaux de Seille a été fondée en 1945. À ses débuts, l'USCS est un club de village qui se développe grâce au bénévolat et à l'attachement des communes de la vallée de la Seille. Le club grandit progressivement dans les championnats départementaux jurassiens.
Le club devient ensuite un acteur reconnu du football jurassien, avec une politique de formation et un nombre croissant de licenciés. En 2015, lors de son 70è anniversaire, il comptait déjà environ 260 licenciés.