Fondée en 1947, l’Amicale des Écoles Publiques du Bourg-sous-la-Roche (AEPB) devient progressivement l’un des clubs majeurs du football vendéen. Installé au Bourg-sous-la-Roche, commune rattachée à La Roche-sur-Yon en 1964, le club gravit rapidement les échelons régionaux. Après plusieurs accessions successives au début des années 1970, l’AEPB remporte le championnat de la Ligue Atlantique en 1976 et accède pour la première fois à la Division 3, troisième niveau du football français. Cette accession marque le début d’une longue présence du club dans les championnats nationaux.
L’AEPB s’installe alors en Division 3 et devient le grand rival local du Football Club Yonnais. Pendant plusieurs saisons, les deux formations de La Roche-sur-Yon évoluent simultanément au troisième niveau national, une situation remarquable pour une ville de cette dimension. L’AEPB confirme parallèlement son importance sur la scène régionale en remportant la Coupe de l’Atlantique en 1983. En championnat, le club termine deuxième de son groupe de Division 3 lors de la saison 1983-1984 et obtient ainsi son accession historique en Division 2, un an après la première montée du FC Yonnais à ce niveau.
La saison 1984-1985 constitue une première découverte de la Division 2 pour l’AEPB. Le club affronte notamment des formations prestigieuses comme l’AS Saint-Étienne et l’OGC Nice, mais termine dix-septième de son groupe et est immédiatement relégué en Division 3. L’AEPB ne tarde toutefois pas à réagir : champion de la Ligue Atlantique en 1985, il retrouve rapidement le troisième niveau puis obtient une nouvelle accession en Division 2 en 1986. Cette deuxième expérience est beaucoup plus durable puisque le club dispute trois saisons consécutives à ce niveau, de 1986 à 1989.
La période 1986-1989 représente ainsi l’apogée de l’histoire de l’AEPB Bourg-sous-la-Roche. Le club se maintient pendant trois saisons en Division 2 et devient l’équipe phare du football yonnais après la relégation du FC Yonnais. La saison 1988-1989 est également marquée par un beau parcours en Coupe de France : l’AEPB atteint les seizièmes de finale et affronte l’Olympique Lyonnais, également pensionnaire de Division 2. Après un match aller nul, les Vendéens s’inclinent 2-0 après prolongation au stade de Gerland. Cette même saison est la dernière de l’AEPB sous son identité propre.
En 1989, l’AEPB Bourg-sous-la-Roche fusionne avec le Football Club Yonnais, mettant fin à la rivalité qui avait marqué le football de La Roche-sur-Yon pendant plus d’une décennie. L’AEPB absorbe alors le FCY et donne naissance à la La Roche Vendée Football, nouvelle structure destinée à réunir les forces du football yonnais. Grâce à la place occupée par l’AEPB en Division 2, le nouveau club poursuit immédiatement son parcours au deuxième niveau national. Avec ses neuf saisons en Division 3, ses quatre saisons en Division 2, ses deux titres de champion de l’Atlantique et sa victoire en Coupe de l’Atlantique, l’AEPB Bourg-sous-la-Roche reste l’un des clubs historiques du football vendéen et constitue l’un des principaux ancêtres de l’actuel football de haut niveau à La Roche-sur-Yon.