L’histoire du Cercle Football Dijonnais remonte à 1903, avec la fondation du Cercle Laïque de Dijon. La section football est créée une dizaine d’années plus tard, en 1913, et permet au club de s’inscrire progressivement dans le paysage footballistique bourguignon. En 1940, l’association prend le nom de Cercle Sportif Dijonnais, avant de connaître une nouvelle évolution en 1945 avec sa fusion avec le FC Dijon, fondé en 1931. Cette union donne naissance au Cercle Sportif Laïque Dijonnais, qui poursuit son développement dans les championnats régionaux.
Le club franchit un premier cap important en 1960, lorsqu’il accède au Championnat de France Amateur (CFA). Le Cercle s’installe ainsi parmi les principales formations de Bourgogne et connaît plusieurs saisons au niveau national. Après plusieurs décennies d’existence et différentes évolutions institutionnelles, le club adopte en 1979 le nom de Cercle Football Dijonnais, appellation sous laquelle il va connaître la période la plus importante de son histoire. À la fin des années 1970 et au début des années 1980, le club poursuit sa progression et se rapproche progressivement du deuxième niveau national.
L’apogée intervient en 1987, lorsque le Cercle Football Dijonnais obtient son accession en Division 2. Pour la première fois, une équipe issue de l'histoire du Cercle atteint le deuxième échelon du football français. Cette accession constitue le sommet sportif du club et permet au football dijonnais de disposer d'une deuxième formation importante aux côtés du Dijon FC. Le Cercle évolue plusieurs saisons en Division 2 et parvient à se maintenir sportivement avant que ses difficultés financières ne viennent brutalement interrompre cette progression.
En 1991, le Cercle Football Dijonnais est victime de graves problèmes financiers et fait l'objet d'une rétrogradation administrative en Division 4. Cette décision met fin à son passage au deuxième niveau national et plonge le club dans une période de reconstruction. Il poursuit ensuite son activité dans les divisions inférieures du football français, sans parvenir à retrouver la Division 2. Malgré ce recul, son passage dans l'antichambre de l'élite reste le principal fait d'armes de son histoire et constitue l'un des épisodes majeurs du football dijonnais avant la création du grand club professionnel de la ville.
En 1998, une nouvelle page s'ouvre avec la fusion du Cercle Football Dijonnais et du Dijon FC. Cette opération donne naissance au Dijon Football Côte-d'Or (Dijon FCO), nouvelle structure destinée à réunir les forces du football dijonnais. La création de ce club met fin à près d'un siècle d'histoire du Cercle, dont les origines remontent à 1903. L'héritage du Cercle Football Dijonnais se retrouve toutefois directement dans cette nouvelle entité, notamment à travers son expérience des championnats nationaux et son passage historique en Division 2. Le Cercle demeure ainsi l'un des clubs fondateurs de l'histoire du football moderne à Dijon.
NATIONAL
* 1 x Vainqueur groupe de Division 3 : 1987
* 1 x Vainqueur groupe de CFA : 1965
* 1 x Vainqueur groupe de Division 4 : 1992
RÉGIONAL
* 8 x Champion Ligue Bourgogne : 1960, 1962, 1969, 1974, 1988, 1993, 1995, 1998
* 2 x Vainqueur Coupe de Bourgogne : 1949, 1980
