L’Union Sportive Jeanne d’Arc de Carquefou, plus connue sous le nom d’USJA Carquefou, trouve ses origines en 1922 avec la fondation de l’Association Sportive Jeanne d’Arc de Carquefou par l’abbé Bonamy. Le club devient officiellement une structure associative en 1928 avant de créer sa section football en septembre 1939. En 1942, la Jeanne d’Arc de Carquefou fusionne avec l’Union Sportive de Carquefou pour donner naissance à l’Union Sportive Jeanne d’Arc de Carquefou. Durant plusieurs décennies, le club évolue principalement dans les championnats départementaux et régionaux avant d’entamer une ascension progressive vers le haut niveau amateur.
Le premier grand tournant sportif intervient au début des années 1990. Promue en Division d’Honneur Atlantique en 1993, l’USJA Carquefou devient championne dès la saison suivante, en 1994, et accède pour la première fois aux championnats nationaux. Le club s’installe alors progressivement dans le football national et atteint notamment le CFA en 1998 après avoir terminé troisième de son groupe de CFA 2. Après une première expérience au quatrième niveau, Carquefou retrouve le CFA en 2004, puis une nouvelle fois en 2009 après avoir remporté son groupe de CFA 2. Ces différentes promotions témoignent de la progression régulière du club, qui s’impose peu à peu comme une formation ambitieuse du football amateur français.
La saison 2007-2008 constitue le plus grand moment de l’histoire de l’USJA Carquefou. Alors qu’elle évolue en CFA 2, l’équipe réalise un parcours exceptionnel en Coupe de France. Après avoir éliminé le FC Gueugnon, pensionnaire de Ligue 2, puis l’AS Nancy-Lorraine, club de Ligue 1, Carquefou crée l’un des exploits les plus retentissants de la compétition en éliminant l’Olympique de Marseille en huitièmes de finale. La rencontre disputée à la Beaujoire devant près de 38 000 spectateurs se termine sur une victoire 1-0 grâce à un but d’Idrissa N’Doye. L’épopée s’achève en quarts de finale face au Paris Saint-Germain, vainqueur sur le score de 1-0. Cette aventure permet à l’USJA de marquer durablement l’histoire de la Coupe de France.
Après cette épopée, Carquefou poursuit sa progression en championnat. En 2009, le club retrouve le CFA et termine notamment quatrième de son groupe lors de la saison 2010-2011. La consécration intervient en 2012 : l’USJA termine première de son groupe de CFA et obtient pour la première fois de son histoire son accession au National, le troisième niveau du football français. Le club découvre alors un championnat particulièrement relevé et réalise une première saison remarquable en terminant à la septième place en 2013. La saison suivante est également réussie puisque Carquefou termine huitième du National 2013-2014.
Malgré ces bons résultats sportifs, l’aventure de l’USJA Carquefou au niveau national prend fin en 2014 pour des raisons financières. Plutôt que de poursuivre en National avec des ressources jugées insuffisantes, le club décide de ne pas renouveler l’engagement de son équipe première à ce niveau. L’équipe réserve, qui évoluait en Division d’Honneur, devient alors l’équipe fanion et Carquefou retrouve le championnat régional. Cette décision marque la fin d’une période particulièrement riche, au cours de laquelle l’USJA aura atteint le troisième niveau français et réalisé l’une des plus belles épopées d’un club amateur en Coupe de France.
