Le Moulins Yzeure Foot 03 Auvergne trouve ses origines dans la création de l’Association Sportive d’Yzeure le 28 février 1938. Pendant plusieurs décennies, le club évolue dans les championnats régionaux auvergnats et progresse progressivement dans la hiérarchie. L’AS Yzeure atteint notamment la Division d’Honneur au cours des années 1990 avant de connaître une ascension spectaculaire au début du XXIe siècle. En 2001, le club remporte le championnat d’Auvergne et accède pour la première fois à un championnat national, en CFA 2. Cette accession marque le début de la période la plus faste de l’histoire du football yzeurien.
Dès sa première saison au niveau national, l’AS Yzeure réalise un véritable exploit en Coupe de France 2001-2002. Le club atteint la finale de la compétition, un parcours exceptionnel pour une formation amateur, après avoir notamment éliminé plusieurs équipes professionnelles. Opposée au Paris Saint-Germain au Stade de France, l’AS Yzeure s’incline finalement 1-0, mais cette finale reste l’un des plus grands exploits de l’histoire du football auvergnat. Malgré une relégation régionale à l’issue de cette saison, le club repart rapidement de l’avant : champion d’Auvergne en 2003, il retrouve le CFA 2, puis remporte son groupe en 2004 et accède au CFA.
L’ascension se poursuit à une vitesse remarquable. En 2006, l’AS Yzeure termine première de son groupe de CFA et décroche son accession au Championnat National, troisième niveau du football français. La saison suivante est historique : pour sa première participation au National, le club réalise une performance exceptionnelle et termine champion de France de National en 2007, avec une avance considérable sur son poursuivant. Cette première place permet à l’AS Yzeure d’accéder à la Ligue 2 pour la première fois de son histoire. L’aventure professionnelle est toutefois de courte durée : Yzeure termine 19e de Ligue 2 lors de la saison 2007-2008 et retrouve le CFA, dans un contexte également marqué par des difficultés financières.
Après son retour dans les championnats amateurs, l’AS Yzeure s’installe durablement au niveau national et dispute régulièrement le CFA, devenu National 2. Le club connaît notamment plusieurs parcours remarqués en Coupe de France, avec des confrontations contre des formations de Ligue 1 comme l’Olympique Lyonnais ou l’AS Monaco. En parallèle, le rapprochement avec la ville voisine de Moulins s’accélère après la disparition de l’AS Moulins en 2016. L’équipe première d’Yzeure évolue alors sous l’appellation Moulins-Yzeure Foot 03, avant que l’association adopte officiellement en mai 2018 le nom de Moulins Yzeure Foot 03 Auvergne. Cette nouvelle identité réunit ainsi les forces des deux villes et inscrit le club dans une nouvelle histoire commune du football bourbonnais.
