Fondé à l’été 1936 sous le nom de Club Sportif Bergusien (CSB), le FC Bourgoin-Jallieu est un club historique du football en Isère. Après une première décennie sous cette appellation, le club devient le Club Sportif Ouvrier (CSO) en 1946. Il franchit ensuite une étape importante en 1957 avec son affiliation à la Fédération Française de Football (FFF). En 1965, l’association adopte définitivement le nom de Football Club Bourgoin-Jallieu, sous lequel elle va progressivement s'imposer dans le paysage footballistique régional.
Après plusieurs décennies consacrées principalement aux compétitions locales, le club franchit un premier cap sportif au milieu des années 1980. En 1985, l’équipe première accède pour la première fois au niveau de la Ligue, avant de poursuivre sa progression dans les divisions régionales. En 1990, le FCBJ engage une importante politique de développement de la formation des jeunes et des éducateurs. Cette stratégie porte rapidement ses fruits avec plusieurs accessions des équipes de jeunes et la progression de l’équipe première jusqu'à l'élite régionale. En 1996, le club devient notamment partenaire de l'AS Monaco, avant de voir arriver l'ancien international français Didier Christophe comme directeur technique en 1997.
Au début des années 2000, le FC Bourgoin-Jallieu poursuit sa montée en puissance. En 2004, l'équipe première obtient sportivement son accession au CFA 2, l'actuel National 3, mais cette promotion n'est finalement pas validée par les instances et le club reste au niveau régional. Le FCBJ doit donc patienter avant de découvrir véritablement les championnats nationaux. En 2010, le club noue par ailleurs un partenariat avec l'Olympique Lyonnais, poursuivant le développement de sa formation et son ancrage dans le football rhônalpin.
La saison 2012-2013 constitue un tournant majeur dans l'histoire du FC Bourgoin-Jallieu. Champion de Division d'Honneur Rhône-Alpes, le club accède pour la première fois de manière effective à un championnat national et découvre le CFA 2, correspondant à l'actuel National 3. Cette première expérience nationale marque le début d'une décennie de présence régulière au cinquième niveau du football français. En 2023, après dix saisons en National 3, le FCBJ remporte son championnat et obtient pour la première fois de son histoire son accession en National 2. Cette progression confirme la place prise par le club berjallien parmi les formations importantes du football amateur en Auvergne-Rhône-Alpes.
Plus récemment, le FC Bourgoin-Jallieu s'est également illustré en Coupe de France, notamment lors de la saison 2024-2025, au cours de laquelle il atteint les huitièmes de finale après avoir affronté plusieurs formations professionnelles. Le club poursuit parallèlement son développement autour de son académie et de la formation, avec notamment l'obtention du Label Jeunes Élite et la mise en place d'une section Sport-Études. Fort de ses couleurs ciel et grenat et de son ancrage à Bourgoin-Jallieu, le FCBJ continue ainsi d'écrire son histoire au niveau national.
