Le FC Lorient est officiellement fondé le 2 avril 1926, dans l'arrière-salle du café Eon, à l'initiative de Caroline Cuissard et de sa famille. Le nouveau club prend la suite de La Marée Sportive, une équipe corporative créée l'année précédente et composée de salariés du mareyage. Les débuts du FCL sont particulièrement prometteurs : trois promotions successives permettent aux Lorientais d'atteindre la Division d'Honneur de Bretagne dès 1929. Le club remporte ensuite le championnat régional en 1932 et 1936, avant que la Seconde Guerre mondiale ne vienne interrompre son développement. Après la Libération, Antoine Cuissard, petit-fils de la fondatrice et futur international français, participe à la reconstruction du club avec l'entraîneur Jean Snella. En 1948, le FC Lorient accède pour la première fois au Championnat de France Amateur (CFA).
Après plusieurs décennies passées dans les championnats amateurs, le FC Lorient franchit une étape majeure en 1967 avec la création d'une section professionnelle. Sous l'impulsion notamment de Jean Tomine, Henri Ducassou et René Ruello, les Merlus intègrent la Division 2. Le premier match professionnel de l'histoire du club est disputé le 19 août 1967 au stade du Moustoir devant plus de 11 000 spectateurs. Pendant dix saisons, Lorient évolue en D2 et se rapproche à plusieurs reprises de la montée en première division, notamment avec deux podiums en 1975 et 1976. La saison 1976-1977 marque toutefois un brutal coup d'arrêt : malgré un quart de finale de Coupe de France, le club est relégué en D3 et connaît un premier dépôt de bilan en raison de graves difficultés financières. Le FC Lorient abandonne alors son statut professionnel et replonge dans le football amateur.
La chute est particulièrement rude pour le FC Lorient. En 1978, le tribunal prononce la liquidation des biens du club, mais une nouvelle organisation permet aux Merlus de poursuivre leur activité. Le FCL évolue ensuite dans les divisions régionales avant que Christian Gourcuff, nommé entraîneur-joueur en 1982 à seulement 27 ans, ne contribue à relancer durablement le club. Lorient retrouve la Division 4 en 1983, puis la Division 3 et enfin la Division 2 en 1985. Les années suivantes restent marquées par des passages entre les différents échelons et par de nouvelles difficultés financières, avec notamment un redressement judiciaire au début des années 1990. La stabilité finit néanmoins par s'installer autour de Christian Gourcuff et d'une génération de joueurs formés ou révélés au club. En 1998, le FC Lorient termine deuxième de Division 2 et obtient pour la première fois de son histoire son accession en Division 1.
Le FC Lorient découvre la Division 1 lors de la saison 1998-1999. Pour sa première apparition dans l'élite, les Merlus se battent jusqu'au bout mais sont finalement relégués pour un seul but. Le club retrouve toutefois la première division en 2001, sous la direction de Christian Gourcuff, avant de connaître une saison 2001-2002 historique. Relégué au terme du championnat, le FC Lorient atteint pourtant les deux finales des coupes nationales. Après une défaite 3-0 contre les Girondins de Bordeaux en finale de la Coupe de la Ligue, les Merlus prennent leur revanche au Stade de France le 11 mai 2002. Grâce à un but de Jean-Claude Darcheville, Lorient bat le SC Bastia 1-0 et remporte la première Coupe de France de son histoire. Ce succès qualifie également le club pour la Coupe UEFA, une première aventure européenne qui constitue alors le plus haut niveau de compétition atteint par les Lorientais.
Après une nouvelle relégation en Ligue 2 en 2002, le FC Lorient retrouve la Ligue 1 en 2006 et va cette fois réussir à s'y installer durablement. Le retour parmi l'élite débute de manière spectaculaire avec une victoire 3-2 au Parc des Princes contre le Paris Saint-Germain. Sous la direction de Christian Gourcuff, les Merlus terminent ensuite deux fois consécutivement à la 10e place de Ligue 1, avant de connaître leur meilleure période de stabilité au plus haut niveau. Lorient quitte finalement l'élite en 2017, après onze saisons consécutives en Ligue 1. Après trois années en Ligue 2, le club remporte le championnat de Ligue 2 en 2020 sous les ordres de Christophe Pélissier et retrouve immédiatement la première division. Cette nouvelle accession confirme la capacité du FC Lorient à rebondir après les périodes difficiles et permet au club de poursuivre son histoire parmi les principaux représentants du football breton.
NATIONAL PROFESSIONNEL
* 1 x Vainqueur Coupe de France : 2002
* 1 x Finaliste Coupe de la Ligue : 2002
* 2 x Champion de France Ligue 2 : 2020, 2025
* 2 x Vice-champion de France Division 2 : 1998, 2001
NATIONAL AMATEUR
* 1 x Champion de France National 1 : 1995
* 4 x Vainqueur de groupe Division 3 : 1985, 1987, 1989, 1992
* 1 x Vainqueur de groupe Division 4 : 1984
* 1 x Vainqueur de groupe de CFA : 2015
* 5 x Vainqueur de groupe National 3, CFA2 : 1997, 2002, 2010, 2014, 2025
RÉGIONAL
* 5 x Champion Ligue de l'Ouest et Bretagne : 1932, 1936, 1957, 1983, 1995
* 7 x Vainqueur Coupe de l'Ouest et Bretagne : 1958, 1970, 1982, 1990, 2000, 2002, 2017
