Fondé en 1906, le Stade Héninois Football est l'un des clubs historiques du Pas-de-Calais. Après plusieurs décennies dans les championnats régionaux, le club connaît une première période faste à la fin des années 1960. Champion de Division d'Honneur en 1968, il accède au Championnat de France Amateur, alors troisième niveau du football français. Le Stade Héninois retrouve ensuite régulièrement cet échelon et connaît son âge d'or entre 1974 et 1977, avec notamment une remarquable cinquième place en Division 3 lors de la saison 1974-1975.
Après plusieurs saisons entre les troisième et quatrième niveaux nationaux, le Stade Héninois retrouve progressivement les compétitions régionales. Le club conserve toutefois une place importante dans le football régional et réalise son meilleur parcours en Coupe de France en 1989, atteignant les 32es de finale avant de s'incliner face au FC Nantes, alors pensionnaire de Division 1. En 2002, le club renoue avec le niveau national en accédant au CFA 2, correspondant alors au cinquième échelon, mais ne s'y maintient que trois saisons.
En 2013-2014, confronté à d'importantes difficultés d'effectif, le Stade Héninois déclare forfait général pour son équipe première et n'engage alors plus d'équipe senior en championnat, tout en poursuivant son activité auprès des jeunes. En 2014, une nouvelle équipe dirigeante relance les seniors avec deux équipes engagées dans les championnats du District de l'Artois. Le club entame alors une reconstruction progressive, qui lui permet de retrouver les divisions supérieures du district au fil des saisons.
