L'Entente Nord Lozère voit le jour en 1991 à la suite de la fusion entre l'Union Sportive Saint-Alban-sur-Limagnole et le Sporting Club de Saint-Chély-d'Apcher. Cette union rassemble les forces de deux clubs historiques du nord de la Lozère et permet à la nouvelle formation de disposer immédiatement d'une équipe compétitive. L'Entente Nord Lozère reprend notamment le niveau sportif de l'US Saint-Alban, alors engagée en Division 4, quatrième échelon du football français. Cette accession au niveau national constitue une étape importante pour le football lozérien, dans un département qui compte peu de clubs capables d'atteindre les championnats nationaux.
Durant les années 1990, l'Entente Nord Lozère évolue ainsi dans les compétitions nationales face à des clubs issus principalement du Massif central et du sud-est de la France. La réforme des championnats nationaux entraîne ensuite la disparition de la Division 4 et son remplacement par le National 2, puis le National 3. Le club ne parvient toutefois pas à conserver sa place dans la hiérarchie nationale et retrouve finalement le championnat régional en 1998, avec une relégation en Division d'Honneur Auvergne. Cette période constitue néanmoins le principal fait d'armes de l'Entente Nord Lozère, qui aura représenté pendant plusieurs saisons le football du nord de la Lozère au niveau national.
L'Entente Nord Lozère possède par ailleurs une particularité géographique assez unique dans le football français. Bien que située dans le département de la Lozère, en région Occitanie, la commune de Saint-Chély-d'Apcher et le nord du département sont historiquement tournés vers l'Auvergne. Le club a ainsi longtemps évolué dans les compétitions de la Ligue d'Auvergne, avant que celle-ci ne soit intégrée à la Ligue Auvergne-Rhône-Alpes lors de la réforme territoriale de 2016. L'Entente Nord Lozère constitue donc un cas particulier : un club lozérien rattaché sportivement à une ligue située en dehors de sa région administrative. Cette implantation illustre les liens historiques et géographiques étroits entre le nord de la Lozère et l'Auvergne.
