L'histoire du Lavaur Football Club débute en 1938, lorsque des adolescents de Lavaur décident de structurer les parties de football qu'ils disputent à l'arrière de la mairie. Le club voit alors le jour sous le nom de Football Club Vauréen. Au fil de son histoire, l'équipe va connaître plusieurs appellations, notamment FC de Lavaur puis FC Lavaur-Labastide-Saint-Georges, avant d'adopter définitivement le nom de Lavaur FC. Pendant plusieurs décennies, le club tarnais évolue principalement dans les divisions régionales de la Ligue Midi-Pyrénées, tout en développant progressivement une importante activité de formation.
La progression sportive du club s'accélère dans les années 1980. Après plusieurs succès dans les championnats départementaux et régionaux, le Lavaur FC accède à la Division d'Honneur Midi-Pyrénées à l'issue de la saison 1987-1988, pour la première fois de son histoire. Cette accession marque le début d'une période particulièrement faste pour le football vauréen. Le club s'installe durablement dans l'élite régionale et se rapproche progressivement du niveau national. Après cinq saisons passées en Division d'Honneur, Lavaur remporte finalement le championnat de Midi-Pyrénées en 1993, décrochant ainsi la première accession de son histoire au National 3, alors cinquième niveau du football français et ancienne appellation du CFA2.
L'année 1993 constitue ainsi le sommet de cette première grande période de l'histoire du Lavaur FC. Pour sa première saison au niveau national, le club tarnais réalise également un parcours marquant en Coupe de France. Le 31 janvier 1993, Lavaur reçoit au stade municipal les Chamois Niortais, alors pensionnaires de Division 2. Devant un stade particulièrement bien rempli, les Vauréens s'inclinent face au club professionnel, mais cette rencontre reste l'un des grands souvenirs de cette génération. Sur le plan sportif, le Lavaur FC confirme rapidement son niveau et dispute trois saisons consécutives en National 3. Le club termine notamment deuxième de son groupe en 1995-1996, mais est malgré tout rétrogradé en Division d'Honneur Midi-Pyrénées à l'issue de cette saison.
Après cette première expérience nationale, le Lavaur FC connaît une période plus irrégulière, alternant les championnats régionaux et plusieurs retours au niveau national. Le Lavaur FC, fort de son histoire commencée en 1938 et de son passage de trois saisons au niveau national, demeure ainsi l'un des clubs historiques du football du Tarn.
