L'histoire du CS Meaux remonte à 1902, avec la création du club omnisports et de sa section rugby. La section football voit officiellement le jour en 1909 et participe rapidement aux premières compétitions de football amateur. Après la Seconde Guerre mondiale, le club connaît une période de division : en 1945, le CA Meaux reprend le numéro d'affiliation du CS Meaux tandis que les Enfants de Saint-Faron sont créés parallèlement. Cette séparation va durer près de vingt ans avant que les deux associations, confrontées à des difficultés financières, ne fusionnent en 1964. Le club reprend alors le nom de CS Meaux et repart au niveau de la Promotion d'Honneur.
Le CS Meaux connaît ensuite une ascension progressive au cours des années 1970. Le club se distingue notamment en Coupe de France, où il atteint les seizièmes de finale en 1976 alors qu'il évolue encore en Promotion d'Honneur, éliminé par le FC Sète. Cette progression se poursuit en championnat avec une accession en Division 4 en 1978. Deux ans plus tard, en 1980, Meaux remporte le championnat de Division 4 et accède à la Division 3, troisième niveau du football français. Ce titre constitue le premier grand trophée national de l'histoire du club.
La décennie 1980 constitue l'âge d'or du football meldois. Le CS Meaux s'installe pendant neuf saisons consécutives en Division 3, de 1980 à 1989, et s'impose comme l'une des principales formations du football francilien. Le club se rapproche à plusieurs reprises d'une accession en Division 2, notamment en 1985, lorsqu'il échoue d'un but face à l'US Melun. Cette période est également marquée par de nouveaux beaux parcours en Coupe de France : Meaux atteint encore les seizièmes de finale en 1985-1986. En 1989, après près d'une décennie au troisième niveau, le club est finalement relégué en Division 4.
Le début des années 1990 marque un brutal changement de trajectoire. Après sa relégation en Division 4 en 1989, le CS Meaux connaît d'importantes difficultés financières et échappe de peu à la liquidation judiciaire en 1991, malgré un passif très important. Sur le plan sportif, le club est finalement relégué en Division d'Honneur Paris-Île-de-France en 1993 et quitte alors les championnats nationaux. Pendant près d'un quart de siècle, Meaux évolue dans les différentes divisions régionales franciliennes. Malgré ce recul, le club conserve une importante activité de formation et reste profondément implanté dans le paysage sportif de Seine-et-Marne.
Le renouveau intervient à la fin des années 2010. En 2018, après avoir remporté son groupe de Régional 1, le CS Meaux retrouve le National 3, vingt-six ans après avoir quitté les championnats nationaux. L'expérience est toutefois de courte durée puisque le club est relégué en Régional 1 en 2019. Meaux réagit immédiatement et remporte à nouveau son championnat régional en 2020, retrouvant le National 3 pour trois saisons avant une nouvelle relégation en 2022. Entre-temps, le club a également connu un nouveau parcours remarquable en Coupe de France, atteignant les seizièmes de finale en 2013 et poussant l'AS Saint-Étienne jusqu'à la séance de tirs au but. Aujourd'hui, le CS Meaux, devenu CS Meaux Academy, perpétue l'histoire d'un club plus que centenaire, dont le principal âge d'or reste incarné par son titre de Division 4 en 1980 et ses neuf saisons consécutives en Division 3.
