Fondé en 1925 dans le quartier Wolf-Lefèbvre à Mulhouse, le Red Star Mulhouse s’impose rapidement comme l’un des clubs importants du football alsacien. Le club participe au championnat d’Alsace dès 1926 et s’installe quelques années plus tard au stade de la Mertzau. Cette progression est récompensée en 1935, lorsque le Red Star remporte pour la première fois le championnat de Division d’Honneur d’Alsace. Pendant la Seconde Guerre mondiale, le club est contraint d’adopter le nom allemand de FC Rot-Weiss, avant de reprendre ses activités sous son identité française à la Libération. Après-guerre, le Red Star poursuit son développement en s’appuyant notamment sur la formation des jeunes et remporte le championnat de Division 2 départementale en 1949.
Après plusieurs décennies principalement consacrées aux compétitions départementales et régionales, le Red Star Mulhouse retrouve le sommet du football alsacien au début des années 1980. Le club remporte le championnat de Promotion d’Honneur en 1980, puis retrouve la Division d’Honneur. Après avoir terminé deuxième en 1984, il réalise une excellente saison 1984-1985 et décroche son deuxième titre de champion d’Alsace, cinquante ans après le premier. Cette performance permet au club d’accéder pour la première fois à la Division 4, alors quatrième niveau du football français.
L’accession de 1985 ouvre la période la plus importante de l’histoire du Red Star Mulhouse. Le club dispute sept saisons consécutives en Division 4, de 1985-1986 à 1991-1992. Son meilleur résultat intervient en 1987, avec une quatrième place dans le groupe C, tandis qu’il remporte la Coupe d’Alsace en 1988. Le Red Star connaît également un beau parcours en Coupe de France la saison suivante, atteignant les trente-deuxièmes de finale face au voisin du FC Mulhouse. Après plusieurs saisons plus difficiles, le club termine finalement dernier de son groupe de Division 4 en 1992 et retrouve la Division d’Honneur d’Alsace.
Les années 1990 sont beaucoup plus difficiles pour le Red Star Mulhouse, qui évolue de nouveau dans les championnats régionaux et connaît progressivement un recul dans la hiérarchie alsacienne. Parallèlement, l’AS Mulhouse, autre club historique de la ville, traverse elle aussi une période compliquée. Les deux structures choisissent finalement de réunir leurs forces afin de préserver et de développer le football dans les quartiers concernés. Le 22 juin 2002, le FC Red Star Mulhouse fusionne ainsi avec l’AS Mulhouse pour donner naissance à l’Association Sportive Red Star Mulhouse Football. Cette opération met fin à l’existence du FC Red Star Mulhouse après 77 années d’histoire.
L’héritage du Red Star Mulhouse se poursuit néanmoins à travers les structures issues de cette fusion. L’Association Sportive Red Star Mulhouse Football évolue ensuite dans les compétitions régionales avant de participer, bien plus tard, à la construction du Mulhouse Foot Réunis, né en 2023 du rapprochement avec le Real ASPTT Mulhouse. Le Red Star demeure ainsi l’un des clubs historiques du football mulhousien, notamment grâce à ses deux titres de champion d’Alsace, son passage de sept saisons en Division 4 et sa victoire en Coupe d’Alsace en 1988.