L’histoire du football à Pont-l’Abbé remonte à 1909 avec la fondation de l’Union Sportive Pont-l’Abbé. Le club s’inscrit rapidement dans le développement du football finistérien et rejoint dès 1921 la Ligue de l’Ouest, créée quelques années auparavant. Après plusieurs décennies passées dans les championnats régionaux, l’US Pont-l’Abbé progresse progressivement dans la hiérarchie bretonne. Le club atteint notamment la Division d’Honneur dans les années 1950, avant de connaître plusieurs passages entre les différents niveaux régionaux. Cette longue implantation dans le football local prépare l’US Pont-l’Abbé à connaître son plus grand essor sportif au milieu des années 1980.
La saison 1984-1985 marque un tournant majeur. L’US Pont-l’Abbé remporte le championnat de la Ligue de l’Ouest et décroche son accession en Division 4, alors quatrième niveau du football français. Pour la première fois de son histoire, le club pont-l’abbiste évolue dans un championnat national. Cette première expérience est particulièrement réussie : lors de la saison 1986-1987, l’US Pont-l’Abbé termine quatrième de son groupe de Division 4, son meilleur classement à ce niveau, à seulement quatre points de l’accession en Division 3. Le club s’installe ainsi durablement dans les championnats nationaux et y dispute six saisons consécutives.
L’US Pont-l’Abbé se distingue également en Coupe de France durant cette période. Lors de l’édition 1985-1986, pour sa première saison en Division 4, les Finistériens atteignent les 32es de finale et affrontent l’AJ Auxerre, alors pensionnaire de Division 1. La rencontre est disputée au stade de Penvillers à Quimper et se conclut par une victoire 3-0 de l’AJA. Malgré cette élimination, cette confrontation constitue un moment fort pour le club et témoigne du chemin parcouru en quelques années. En championnat, l’US Pont-l’Abbé reste encore plusieurs saisons en Division 4, terminant notamment cinquième en 1988-1989.
La saison 1990-1991 met fin à cette aventure nationale. L’US Pont-l’Abbé termine douzième de son groupe de Division 4 avec cinq victoires, huit matchs nuls et treize défaites, un classement qui entraîne sa relégation en Division d’Honneur de Bretagne. Dans le même temps, une réflexion est engagée pour réunir les forces du football pont-l’abbiste. Au printemps 1991, l’US Pont-l’Abbé fusionne ainsi avec la Jeanne d’Arc Pont-l’Abbé, fondée en 1920, pour donner naissance au Football Club Pont-l’Abbé. Cette fusion marque la disparition de l’US Pont-l’Abbé après plus de huit décennies d’existence, tout en permettant à son héritage sportif de se poursuivre au sein d’une nouvelle entité.
Le FC Pont-l’Abbé dispute sa première saison en 1991-1992 en Division d’Honneur de Bretagne et termine cinquième de son championnat. Le nouveau club connaît également rapidement les émotions de la Coupe de France : dès sa première saison, il réalise un parcours remarquable jusqu’aux 32es de finale et retrouve le Stade Malherbe Caen, alors pensionnaire de Division 1, devant plus de 8 000 spectateurs au stade de Penvillers. Après plusieurs années dans les championnats régionaux, le FC Pont-l’Abbé retrouve progressivement le haut niveau régional et remporte notamment la Division Régionale d’Honneur en 2011 et 2015, puis la Régional 3 en 2019. Le club actuel perpétue ainsi l’histoire du football pont-l’abbiste, dont les origines remontent à l’US Pont-l’Abbé fondée en 1909.