Le Football Club Haguenau est l’un des plus anciens clubs de football d’Alsace. Il est fondé le 10 mai 1900 par de jeunes étudiants de Haguenau, après avoir découvert le football lors d’une rencontre disputée à Bischwiller. Le club se développe rapidement dans une région où le football commence alors à s’implanter, et devient au fil des décennies l’une des formations historiques du nord de l’Alsace. En 1939, le FC Haguenau remporte le championnat d’Alsace, alors appelé Division d’Honneur, et obtient ainsi le droit de participer au Championnat de France amateur. Cette première expérience nationale s’achève toutefois par une dernière place dans son groupe.
Après la Seconde Guerre mondiale, le FC Haguenau évolue principalement dans les championnats régionaux alsaciens. Le club reste pendant plusieurs décennies une formation régulièrement présente en Division d’Honneur, sans toutefois parvenir à retrouver immédiatement le niveau national atteint à la fin des années 1930. Le renouveau intervient à la fin des années 1970. En 1979, Haguenau termine deuxième de la Division d’Honneur Alsace et obtient son accession en Division 4, alors quatrième niveau du football français. Le club retrouve ainsi les championnats nationaux quarante ans après sa première expérience au niveau fédéral.
Le FC Haguenau s’installe ensuite pendant six saisons consécutives en Division 4. Entre 1979-1980 et 1984-1985, le club dispute plus de 150 rencontres à ce niveau et parvient notamment à terminer quatrième de son groupe dès sa première saison. Il confirme au début des années 1980 en se classant régulièrement dans la première moitié de son championnat, avec notamment une cinquième place en 1981-1982. La saison 1984-1985 est en revanche plus difficile : Haguenau termine 13e de son groupe et retrouve les championnats régionaux à l’issue de cette campagne. Cette période constitue néanmoins l’une des plus longues présences du club dans les championnats nationaux avant sa disparition.
Le FC Haguenau connaît finalement ses dernières saisons sous sa forme indépendante au milieu des années 1980. Alors que le club évolue de nouveau dans les compétitions régionales, une réflexion est engagée autour d'un rapprochement avec les Sports Réunis Haguenau, autre club historique de la ville fondé en 1920 et ayant lui-même connu la Division 2 et la Division 3. En juin 1987, les deux associations fusionnent pour donner naissance au Football Club Sports Réunis Haguenau, plus communément appelé FCSR Haguenau. Cette fusion met officiellement fin à l’existence du FC Haguenau après 87 années d’histoire.
La création du FCSR Haguenau ouvre un nouveau chapitre du football haguenovien. Parti de Promotion d’Excellence en 1987, le nouveau club connaît une progression remarquable avec cinq promotions en sept saisons. Champion d’Alsace en 1990, il accède à la Division 4 en 1990 puis remporte son groupe en 1992, avant d’atteindre la Division 3. En 1994, le FCSR Haguenau remporte son groupe de National 2 et accède au troisième niveau français. Cette réussite prolonge ainsi l’histoire du FC Haguenau et des Sports Réunis, dont la fusion aura permis au football haguenovien de retrouver rapidement les sommets du football amateur national.
