Le Club Sportif de Cuiseaux (CS Cuiseaux) est fondé en 1930 dans cette commune de Saône-et-Loire, au cœur de la Bresse bourguignonne. Le club entretient rapidement des liens étroits avec l'entreprise de salaisons Morey, dont de nombreux salariés composent l'équipe. Sous l'impulsion de Bernard Morey, entrepreneur local qui joue un rôle majeur dans le développement du football à Cuiseaux, le club progresse progressivement dans les compétitions régionales. Cette implantation particulière permet au CS Cuiseaux de se développer malgré la taille modeste de la commune et de devenir l'une des formations importantes du football bourguignon.
Le premier grand succès sportif intervient en 1965, lorsque le CS Cuiseaux remporte le championnat de Division d'Honneur de Bourgogne. Ce titre lui permet d'accéder pour la première fois au Championnat de France Amateur (CFA), alors troisième niveau de la hiérarchie du football français. Le club rejoint ainsi le CS Louhans, autre formation de Saône-et-Loire qui évolue également au niveau national. Durant la seconde moitié des années 1960, les deux clubs voisins s'affirment comme des représentants importants du football bourguignon et se retrouvent régulièrement dans les mêmes compétitions nationales.
La saison 1969-1970 constitue un tournant dans l'histoire du CS Cuiseaux. Le club réalise une nouvelle performance remarquable et se retrouve aux portes de la Division 2, alors que la réforme du football professionnel français doit permettre l'élargissement de ce championnat. Malgré ses bons résultats, Cuiseaux ne fait finalement pas partie des clubs retenus pour participer à la nouvelle Division 2. Dans le même temps, le CS Louhans connaît lui aussi une période faste. La proximité géographique des deux clubs, leurs ambitions communes et la volonté de permettre au football bressan de franchir un nouveau cap conduisent finalement à leur rapprochement.
À l'été 1970, le CS Cuiseaux fusionne ainsi avec le CS Louhans, fondé en 1916, pour former le CS Cuiseaux-Louhans. Cette nouvelle entité constitue l'ancêtre direct de l'actuel Louhans-Cuiseaux Football Club. La fusion est immédiatement couronnée de succès puisque le nouveau club remporte son groupe de Championnat de France Amateur en 1971 et obtient dès sa première saison l'accession en Division 2. Il se maintient à ce niveau pendant deux saisons, lançant ainsi une longue histoire au niveau national et professionnel.