Fondée le 9 décembre 1905 par l'abbé Ernest Deschamps, l'Association de la Jeunesse Auxerroise (AJ Auxerre) s'impose progressivement comme l'un des clubs historiques du football français. Malgré les lourdes pertes humaines subies pendant les deux guerres mondiales, l'association poursuit son activité et conserve une identité profondément ancrée dans la ville d'Auxerre. Après la mort de son fondateur en 1949, le stade de la route de Vaux est rebaptisé stade de l'Abbé-Deschamps en son hommage.
Un tournant majeur intervient en 1961, lorsque Guy Roux, alors âgé de 23 ans, devient entraîneur-joueur d'un club confronté à des difficultés financières. Sous son impulsion, l'AJA gravit progressivement les échelons du football français. En 1974, le club accède à la Division 2 avec le statut amateur, avant de connaître une formidable période de progression. Finaliste de la Coupe de France en 1979, l'AJA obtient l'année suivante sa première accession en Division 1, devenant définitivement l'une des principales forces du football français.
L'AJ Auxerre découvre les compétitions européennes en 1984 avec une première participation à la Coupe UEFA. Le club poursuit son développement et remporte sa première Coupe de France en 1994. Deux ans plus tard, en 1996, l'AJA réalise la plus belle saison de son histoire en décrochant le titre de champion de France tout en remportant une nouvelle fois la Coupe de France, réalisant ainsi le doublé championnat-Coupe. Le club ajoute ensuite deux nouvelles Coupes de France à son palmarès, en 2003 et 2005, confirmant sa place parmi les clubs français les plus titrés de cette période.
INTERNATIONAL :
* 1 x Demi-finaliste Coupe UEFA : 1993
* 1 x Vainqueur Coupe Intertoto : 1997
* 2 x Vainqueur Coupe des Alpes : 1985, 1987
NATIONAL PROFESSIONNEL :
* 1 x Champion de France : 1996
* 4 x Vainqueur Coupe de France : 1994, 1996, 2003, 2005
* 2 x Finaliste Coupe de France : 1979, 2015
* 2 x Champion de France Division 2 et Ligue 2 : 1980, 2024
NATIONAL AMATEUR :
* 7 x Vainqueur Coupe Gambardella : 1982, 1985, 1986, 1993, 1999, 2000, 2014
* 5 x Champion de France Division 3 : 1984, 1986, 1988, 1990, 1992
* 1 x Champion de France Division 4 : 1985
* 1 x Champion de France des réserves de CFA : 1999
* 2 x Champion de France National 2 : 1994, 1996
* 1 x Champion de France CFA2 : 2015
* 9 x Vainqueur de groupe de Division 3 : 1982, 1984, 1985, 1986, 1988, 1990, 1991, 1992, 1993
* 3 x Vainqueur de groupe de National 2 : 1994, 1995, 1996
* 5 x Vainqueur de groupe de CFA : 1998, 1999, 2000, 2002, 2004
* 4 x Vainqueur de groupe de CFA2 : 1998, 1999, 2003, 2015
RÉGIONAL :
* 7 x Champion Ligue de Bourgogne : 1970, 1977, 1979, 1982, 1985, 1990, 2006
