La section football voit le jour en 1951 au sein du Stade Municipal de Montrouge. Le club s'installe à Montrouge, dans les Hauts-de-Seine, et utilise le Stade Jean Lezer comme terrain principal.
Pendant la saison 2003-2004, la section se sépare de la structure municipale. L'association officielle du Montrouge Football Club 92 (MFC 92) est enregistrée le 1er juillet 2003, devenant une entité totalement indépendante.
Le club se spécialise dans l'encadrement des jeunes et devient l'un des meilleurs clubs formateurs d'Île-de-France. Plusieurs équipes de jeunes (notamment en U17) atteignent les championnats nationaux.
L'équipe fanion, quant à elle, atteint pour la première fois de son histoire un championnat national en 2022.
