L’histoire du Clermont Foot 63 trouve ses racines dans le football clermontois du début du XXe siècle et notamment dans le Stade Clermontois, dont l’origine est traditionnellement située en 1911. La section football du club connaît son premier grand essor pendant et après la Seconde Guerre mondiale. En 1945-1946, le Stade Clermontois évolue en Division 2 et réalise un parcours exceptionnel en Coupe de France, atteignant les demi-finales après avoir notamment éliminé les Girondins de Bordeaux. Les Clermontois s’inclinent finalement 7-1 face au Lille OSC. La saison suivante, le club conserve son statut professionnel en Division 2, mais ses difficultés financières l'obligent à abandonner le professionnalisme en 1947. Le football clermontois doit alors repartir sur des bases plus modestes avant de retrouver progressivement le niveau national.
Après plusieurs décennies marquées par des passages entre les divisions régionales et nationales, un tournant intervient en 1984 avec la fusion de la section football du Stade Clermontois et de l'AS Montferrand. Cette union donne naissance au Clermont Football Club, qui évolue alors en Division 3. Le nouveau club progresse progressivement et décroche son accession en Division 2 en 1988, retrouvant ainsi le football professionnel près de quarante ans après le premier passage du Stade Clermontois à ce niveau. L'aventure est cependant de courte durée : Clermont termine 17e de son groupe de Division 2 lors de la saison 1988-1989 et retrouve la Division 3. Les difficultés financières s'aggravent et conduisent finalement le club au dépôt de bilan en 1990.
En juin 1990, une nouvelle entité est créée sous le nom de Clermont Foot, avec pour ambition de reconstruire le football clermontois et de retrouver progressivement le haut niveau. Le club repart en Division d'Honneur et gravit rapidement les échelons. Il remporte la DH Auvergne en 1993, puis le championnat de National 3 en 1994 avant de s'installer en National 2. Le stade Gabriel-Montpied, inauguré en 1995, devient alors la nouvelle enceinte du club. La saison 1996-1997 marque un premier grand exploit de cette reconstruction : Clermont réalise une incroyable épopée en Coupe de France, élimine le Paris Saint-Germain en huitièmes de finale au terme d'un match nul 4-4 suivi d'une séance de tirs au but, puis atteint les quarts de finale, où il s'incline face à l'OGC Nice. Deux ans plus tard, en 1999, le club remporte le championnat de National 2 et poursuit son ascension vers le football professionnel.
Cette progression aboutit à un nouveau retour au professionnalisme en 2002. Sous la direction d'Hubert Velud, le Clermont Foot domine le championnat de National et décroche le titre de champion, synonyme d'accession en Ligue 2 pour la saison 2002-2003. Le club se maintient pour sa première saison dans l'antichambre de l'élite et poursuit son développement. Clermont connaît ensuite une nouvelle période mouvementée, avec une relégation en National en 2006, avant de rebondir immédiatement en remportant une nouvelle fois le championnat de National en 2007. Cette deuxième remontée en Ligue 2 marque le début d'une période de stabilité au deuxième niveau national. Sous la direction de plusieurs entraîneurs, dont Michel Der Zakarian et Régis Brouard, le Clermont Foot s'installe durablement en Ligue 2 et se rapproche régulièrement de l'accession à l'élite.
La consécration intervient lors de la saison 2020-2021. Après une saison 2019-2020 interrompue alors que Clermont figurait parmi les prétendants à la montée, l'équipe dirigée par Pascal Gastien réalise une saison historique. Porté notamment par les 22 buts de Mohamed Bayo, le Clermont Foot termine deuxième de Ligue 2 avec 72 points et décroche directement son accession en Ligue 1, une première dans l'histoire du club. Clermont devient alors le premier club de son histoire à atteindre l'élite du football français et dispute sa première saison parmi les grands du football hexagonal en 2021-2022. Après trois saisons en Ligue 1, le club est relégué en Ligue 2 à l'issue de la saison 2023-2024. Cette accession historique reste néanmoins l'aboutissement d'une remarquable reconstruction, menée en un peu plus de trente ans depuis le départ du Clermont Foot en Division d'Honneur en 1990.
NATIONAL PROFESSIONNEL
* 1 x Vice-champion de France Ligue 2 : 2021
NATIONAL AMATEUR
* 2 x Champion de National : 2002, 2007
* 1 x Champion de France CFA : 1999
* 1 x Vainqueur de groupe Division 4 : 1980
* 1 x Vainqueur de groupe National 3 : 1994
RÉGIONAL
* 7 x Champion Ligue Auvergne : 1923, 1936, 1942, 1971, 1988, 1989, 1993
