En 1931, le Claye-Souilly Sportif naît comme une structure unique regroupant l'ensemble des activités sportives de la commune. Le football n'était alors qu'une simple section non autonome au sein de cette grande association omnisports chapeautée par la municipalité.
Le 1er septembre 1991 marque la déclaration officielle de l'association actuelle, baptisée Claye-Souilly Sportif Section Football. En se déclarant sous sa propre association Loi 1901 indépendante, le club de football a obtenu son propre numéro SIRET, son propre budget autonome, et la capacité de recruter ses propres salariés (éducateurs, administratifs).
L'ancien international français et joueur du Paris Saint-Germain ou de l'OM Frédéric Déhu a évolué dans les équipes de jeunes du club au début des années 1980 (sélection 77 nord).