L’histoire du FC Mulhouse commence à la fin du XIXe siècle, dans une Alsace alors rattachée à l’Empire allemand depuis la guerre franco-prussienne de 1870-1871. Le football fait son apparition à Mulhouse dès 1892 sous l’impulsion de deux jeunes Anglais, élèves de l’école de chimie de la ville, avant la fondation officielle du FC Mülhausen en 1893. Le club devient rapidement l’une des principales formations de la région et franchit une étape importante en 1904 en s’affiliant au Deutscher Fussball-Bund, la Fédération allemande de football. Le FC Mülhausen 93 s’impose alors parmi les meilleures équipes d’Allemagne du Sud et termine notamment troisième du championnat du Südkreis en 1904-1905, derrière le Bayern Munich et le Karlsruher FV. Cette première période contribue à faire du FC Mulhouse l’un des plus anciens clubs de football de France encore en activité.
La Première Guerre mondiale bouleverse profondément l’histoire du club. En 1914, le FC Mülhausen 93 fusionne avec le FC Victoria, mais la dissolution du club est finalement prononcée par les autorités allemandes après le déclenchement du conflit. À la fin de la guerre, l’Alsace-Moselle réintègre la France et le club reprend le nom de FC Mulhouse. Dès 1919, le FCM retrouve les compétitions françaises et participe, aux côtés notamment du SC Sélestat et de l’AS Strasbourg, à la création de la Ligue d’Alsace de football association. Le club connaît alors une nouvelle ascension et devient l’une des grandes puissances du football alsacien. En 1921, il remporte le championnat d’Alsace et voit Paul Bloch devenir le premier joueur du club sélectionné en équipe de France. Le FC Mulhouse se rapproche ensuite du professionnalisme avant de devenir officiellement professionnel en 1932.
En 1932-1933, le FC Mulhouse participe au tout premier championnat de France professionnel, dans le groupe A de la Division Nationale. Pour cette première expérience au plus haut niveau, le club termine dixième et est relégué en Division 2. Les Mulhousiens réagissent immédiatement en terminant troisièmes de leur groupe de D2 en 1933-1934, ce qui leur permet de retrouver l’élite dès la saison suivante. Le FCM réalise alors sa meilleure performance de cette première période professionnelle en terminant sixième de Division 1 en 1934-1935, avant de se classer treizième puis seizième lors des deux saisons suivantes et de retrouver la Division 2 en 1937. Le club doit ensuite affronter une nouvelle rupture historique avec l’annexion de fait de l’Alsace par l’Allemagne en 1940. Rebaptisé Fussball Club Mülhausen 1893, le FCM abandonne alors le professionnalisme et évolue dans les compétitions allemandes et régionales durant la Seconde Guerre mondiale. En 1945, l’Alsace redevient française et le club reprend son identité de FC Mulhouse.
Après une dernière saison professionnelle en Division 2 en 1946-1947, le FC Mulhouse connaît une longue traversée du désert et évolue pendant plus de vingt ans dans le football amateur. Le club retrouve finalement la Division 2 en 1970 et s’installe progressivement parmi les équipes régulières de ce championnat. Après quelques saisons marquées par des passages en Division 3, le FCM reconstruit une équipe ambitieuse au début des années 1980. Une nouvelle section professionnelle est créée en juin 1981 et, sous l’impulsion notamment de Jean-Marc Guillou, le club termine deuxième de son groupe de Division 2 puis remporte les barrages d’accession face à Valenciennes. Le FC Mulhouse retrouve ainsi la Division 1 en 1982, près de 44 ans après sa dernière apparition dans l’élite. Le retour est cependant difficile : le club termine dernier du championnat 1982-1983 et redescend immédiatement en D2. Malgré cette déception, le FCM signe un superbe parcours en Coupe de France en 1983-1984, éliminant notamment le Paris Saint-Germain puis les Girondins de Bordeaux avant de s’incliner en quarts de finale face au FC Nantes.
La fin des années 1980 offre au FC Mulhouse une nouvelle occasion de retrouver les sommets. En 1989, le club termine premier de son groupe de Division 2 et accède de nouveau à la Division 1. Cette deuxième expérience dans l’élite ne dure toutefois qu’une saison : renforcé notamment par plusieurs joueurs internationaux, le FCM termine une nouvelle fois dernier du championnat 1989-1990 et retrouve la D2. Les années 1990 sont ensuite marquées par une succession de difficultés sportives et financières. En 1999, le club dépose le bilan et subit une rétrogradation administrative en Championnat de France Amateur, perdant son statut professionnel. Le FC Mulhouse passe alors près de deux décennies dans les divisions amateurs, avant de retrouver un nouvel élan avec la reprise du club par l’homme d’affaires américain Garry Allen en 2017. En 2019, le FCM remporte son groupe de National 3 et retrouve le National 2, mais les difficultés financières ressurgissent quelques années plus tard. À l’issue de la saison 2021-2022, le club est rétrogradé administrativement en Régional 1 puis placé en redressement judiciaire en juillet 2022. Un plan de cession permet finalement d’éviter la disparition du club et d’assurer la poursuite de son activité. Le FC Mulhouse demeure ainsi l’un des clubs historiques du football français, avec six saisons disputées en première division et une histoire intimement liée à celle du football alsacien.
NATIONAL PROFESSIONNEL
* 1 x Vainqueur groupe de Division 2 : 1989
NATIONAL AMATEUR
* 5 x Vainqueur groupe de CFA : 1954, 1956, 1957, 1958, 1963
* 1 x Vainqueur groupe de National 3 : 2019
RÉGIONAL
* 10 x Champion Ligue Alsace : 1921, 1928, 1929, 1930, 1931, 1932, 1947, 1982, 1987, 2002
* 1 x Champion groupe Ligue Grand Est : 2025
* 10 x Vainqueur Coupe d'Alsace : 1956, 1959, 1964, 1968, 1973, 1982, 1990, 2002, 2007, 2015
