Le Football Club Morteau-Montlebon, couramment appelé FC Morteau-Montlebon ou FCMM, est un club de football du Haut-Doubs né de la volonté de réunir les forces footballistiques de Morteau et de Montlebon. La fusion entre l’US Morteau et le SC Montlebon est officiellement conclue le 15 juillet 1994, donnant naissance au FC Val du Haut-Doubs. Le nouveau club repart dans les championnats régionaux de Franche-Comté et entreprend progressivement une remontée dans la hiérarchie. Cette fusion permet également de structurer durablement la formation des jeunes, qui devient au fil des années l’un des axes importants du développement du club.
Après une première décennie consacrée à sa construction, le FC Val du Haut-Doubs atteint la Division d’Honneur en 2005, une étape importante dans la progression de l’équipe fanion. Le club adopte ensuite l’appellation FC Morteau-Montlebon, le changement de nom étant situé par le club autour de 2006. Les années suivantes voient l’équipe s’installer durablement au plus haut niveau régional. Morteau-Montlebon termine notamment deuxième de Division d’Honneur en 2006, 2009 et 2010, avant de concrétiser ses ambitions quelques années plus tard.
La saison 2012-2013 marque un tournant majeur dans l’histoire du FC Morteau-Montlebon. L’équipe remporte le championnat de Division d’Honneur de Franche-Comté, avec 17 victoires en 26 rencontres, et décroche ainsi son premier titre régional. Cette performance lui permet d’accéder pour la première fois aux championnats nationaux, en CFA 2, alors cinquième niveau du football français. Pour sa première saison à ce niveau, le FCMM connaît toutefois une saison difficile et termine à la 14e place de son groupe en 2013-2014, entraînant son retour en championnat régional.
Après plusieurs saisons au niveau régional, le club connaît une nouvelle période faste à partir de 2017. Champion de Ligue Régionale 2 cette année-là, le FC Morteau-Montlebon retrouve le niveau supérieur et obtient dès la saison 2017-2018 une nouvelle accession au National 3, alors cinquième niveau national. Cette montée s’accompagne d'un beau parcours en Coupe de France, avec une qualification jusqu’en 64es de finale devant près de 2 500 spectateurs au stade Henri-Schaller de Montlebon. Le club se maintient ensuite plusieurs saisons en National 3, avec notamment une 10e place en 2018-2019 et une 8e place en 2019-2020. Après cinq saisons consécutives au niveau national, le FCMM retrouve le championnat régional à l’issue de la saison 2022-2023. En 2024, il remporte à nouveau son groupe de Régional 1 et poursuit depuis son histoire dans le football régional de Bourgogne-Franche-Comté.
