Fondé en 1945 sous l'impulsion de Roger Pichot, le Groupement Sportif de Saint-Sébastien-sur-Loire (GSSS) devient le premier club de football de la commune de Loire-Atlantique. Pendant plusieurs décennies, le club évolue principalement dans les championnats régionaux avant de connaître son premier grand essor sportif au cours des années 1980. En 1986, le GSSS remporte le championnat de la Ligue Atlantique et accède pour la première fois de son histoire à la Division 4, alors quatrième niveau du football français. Cette accession marque l'entrée du club dans les championnats nationaux et constitue le début d'une période particulièrement faste. Saint-Sébastien évolue durant quatre saisons consécutives en Division 4, de 1986 à 1990, avec notamment une troisième place dans son groupe en 1988. Le club réalise également son meilleur parcours en Coupe de France lors de la saison 1985-1986, atteignant les 32es de finale avant de s'incliner face au SCO Angers.
Après sa relégation au niveau régional en 1990, le GSSS connaît une nouvelle période de progression. Le club remporte à nouveau le championnat de la Ligue Atlantique en 1995 et retrouve les championnats nationaux avec une accession en National 3. L'expérience est toutefois de courte durée puisque Saint-Sébastien termine treizième de son groupe lors de la saison 1995-1996 et redescend en Division d'Honneur. Deux ans plus tard, le club réalise une nouvelle performance en remportant une troisième fois le championnat régional, en 1997, ce qui lui permet d'accéder au CFA 2. Là encore, le passage au niveau national ne dure qu'une saison : le GSSS termine dernier de son groupe en 1997-1998 et retrouve le championnat régional. Avec trois titres de champion de Ligue Atlantique remportés en 1986, 1995 et 1997, cette période reste la plus prolifique de l'histoire du club historique.
Après plusieurs décennies durant lesquelles plusieurs clubs coexistent à Saint-Sébastien-sur-Loire, une nouvelle étape est franchie au milieu des années 2010. Le GSSS, Saint-Sébastien Profondine, créé en 1959, et Saint-Sébastien Foot Entreprise décident de réunir leurs forces afin de créer un club unique représentant la commune. Le Saint-Sébastien Football Club (SSFC) voit ainsi officiellement le jour en 2017 et devient le successeur du GSSS. Cette fusion met fin à l'existence indépendante des trois clubs et permet de réunir leurs moyens autour d'un même projet sportif et associatif. Le nouveau SSFC conserve l'héritage du GSSS, notamment son histoire depuis 1945 et ses passages dans les championnats nationaux, et poursuit aujourd'hui son activité dans les compétitions régionales.
