L'histoire de l'ES Marsouins Brétignolles-Brem remonte à 1941, avec la création, le 20 décembre, des Marsouins de Brétignolles à l'initiative du frère Remaud, instituteur à l'école des garçons Saint-Gabriel. La première équipe de football des Marsouins Brétignollais évolue alors dans les compétitions de district et le club se développe progressivement au sein du football vendéen. En 1974, un deuxième club voit le jour à quelques kilomètres, à Brem-sur-Mer : l'Entente Sportive de Brem, fondée par Michel Guillonneau. Les deux associations vont connaître séparément plusieurs décennies d'histoire avant de se rapprocher progressivement.
Les Marsouins Brétignollais connaissent leur principal essor sportif à partir de la fin des années 1980. Après plusieurs promotions successives, le club atteint la Division d'Honneur en 1997, puis réalise un remarquable parcours en Coupe de France la saison suivante. En 1998, les Brétignollais atteignent pour la première fois les 32es de finale de la Coupe de France, où ils affrontent le FC Nantes, alors l'un des grands clubs du football français. Cette performance constitue l'un des moments forts de l'histoire du club. Deux ans plus tard, en 2000, les Marsouins remportent le championnat de la Ligue Atlantique et accèdent au CFA 2, cinquième niveau national. Cette promotion permet au club de connaître pour la première fois le niveau national.
L'expérience en CFA 2 est toutefois de courte durée. Après une saison au niveau national, les Marsouins Brétignollais sont relégués en Division d'Honneur Atlantique en 2001. Le club reste néanmoins compétitif sur la scène régionale et remporte notamment la Coupe de Vendée en 2002, face à Saint-André d'Ornay. Au cours des années suivantes, les Marsouins connaissent plusieurs montées et descentes entre les différents niveaux régionaux, tandis que l'Entente Sportive de Brem poursuit également son développement. Cette histoire parallèle prépare progressivement le rapprochement des deux clubs voisins, partageant un même territoire et une volonté commune de développer le football local.
En 2018, les Marsouins Brétignollais Football et l'Entente Sportive de Brem fusionnent officiellement pour donner naissance à l'Entente Sportive Marsouins Brétignolles-Brem (ESMBB). Cette nouvelle entité permet de réunir les forces des deux clubs historiques et de proposer une structure commune aux joueurs des deux communes. Lors de sa première saison, l'équipe fanion évolue en Régional 3, avant de poursuivre sa progression dans la hiérarchie régionale. Le club remonte notamment en Régional 2 en 2020 et continue depuis à développer ses équipes seniors, jeunes, féminines, loisirs et futsal. Aujourd'hui, l'ES Marsouins Brétignolles-Brem perpétue ainsi l'héritage de deux clubs vendéens fondés respectivement en 1941 et 1974, tout en conservant l'ambition de faire vivre le football à Brétignolles-sur-Mer et Brem-sur-Mer.
