- 9 décembre 1905 : Ernest Deschamps, vicaire de la cathédrale Saint-Etienne d'Auxerre crée une société sportive et d'éducation, l'association de la jeunesse auxerroise.
- 1914 - 1918 : L'AJA perd 57 de ses 132 membres masculins au cours de la Première Guerre Mondiale.
- 1939 - 1945 : Pendant la Seconde Guerre Mondiale, l'AJA continue à exister malgré l'occupation allemande. Elle perd trois joueurs au cours du conflit - Pierre Bureau, gardien de but abattu dans un bois le 9 juillet 1944, ainsi que Gaston Martin et Charles Paquot, tués par la Milice française car ils sont résistants.
- 1er décembre 1949 : Décès de l'Abbé Deschamp. Le stade de la route de Vaux sera rebaptisé Stade de l'Abbé Deschamps l'année suivante.
- 1961 : A 23 ans, alors que le club connaît des difficultés financières, Guy Roux devient entraineur-joueur de l'AJA.
- 1974 : L'AJ Auxerre termine quatrième de Division 3 derrière trois réserves professionnelles et est donc promu en Division 2.
- 1974 à 1980 : Le club évolue en Division 2 avec le statut amateur. l'AJA est finaliste de la Coupe de France en 1979 et monte en Division 1 l'année suivante.
- 1984 : Première participation à une Coupe d'Europe (coupe de l'UEFA).
- 1994 : L'AJA vainqueur de sa première Coupe de France.
- 1996 : Auxerre sacré Champion de France. Cette année-là, le club réalisera même le doublé en remportant à nouveau la Coupe de France.
- 2003 : Le club remporte la 3ème Coupe de France de son histoire.
- 2005 : Quatrième Coupe de France remportée par l'AJ Auxerre.
INTERNATIONAL :
* 1 x Demi-finaliste Coupe UEFA : 1993
* 1 x Vainqueur Coupe Intertoto : 1997
* 2 x Vainqueur Coupe des Alpes : 1985, 1987
NATIONAL PROFESSIONNEL :
* 1 x Champion de France : 1996
* 4 x Vainqueur Coupe de France : 1994, 1996, 2003, 2005
* 2 x Finaliste Coupe de France : 1979, 2015
* 2 x Champion de France Division 2 et Ligue 2 : 1980, 2024
NATIONAL AMATEUR :
* 7 x Vainqueur Coupe Gambardella : 1982, 1985, 1986, 1993, 1999, 2000, 2014
* 5 x Champion de France Division 3 : 1984, 1986, 1988, 1990, 1992
* 1 x Champion de France Division 4 : 1985
* 1 x Champion de France des réserves de CFA : 1999
* 2 x Champion de France National 2 : 1994, 1996
* 1 x Champion de France CFA2 : 2015
* 9 x Vainqueur de groupe de Division 3 : 1982, 1984, 1985, 1986, 1988, 1990, 1991, 1992, 1993
* 3 x Vainqueur de groupe de National 2 : 1994, 1995, 1996
* 5 x Vainqueur de groupe de CFA : 1998, 1999, 2000, 2002, 2004
* 4 x Vainqueur de groupe de CFA2 : 1998, 1999, 2003, 2015
RÉGIONAL :
* 7 x Champion Ligue de Bourgogne : 1970, 1977, 1979, 1982, 1985, 1990, 2006
