Fondé en 1997, le Club Labège-Escalquens FC naît de la fusion entre le Labège FC et l’Escalquens FC, deux clubs voisins de l’agglomération toulousaine. Cette union vise à rassembler les forces du football local afin de permettre au nouveau club de progresser dans la hiérarchie régionale et de développer une structure plus ambitieuse. Pendant plusieurs années, le Club Labège-Escalquens s’impose ainsi comme une formation importante du football amateur en Haute-Garonne.
Après plusieurs saisons de progression, le club connaît son principal succès sportif en 2004. Grâce à ses performances dans les championnats régionaux, le Club Labège-Escalquens FC obtient son accession au CFA2, alors cinquième niveau du football français. Cette promotion permet au club de découvrir pour la première fois le championnat national et de se mesurer à des formations venues de l’ensemble de la région Midi-Pyrénées et des territoires voisins.
L’aventure au niveau national est toutefois de courte durée. Dès 2005, le Club Labège-Escalquens termine son championnat en position de relégable et retrouve la Division d’Honneur Midi-Pyrénées. Malgré cette rétrogradation rapide, l’accession en CFA2 reste l’un des moments les plus importants de l’histoire du club, récompensant le travail réalisé depuis la fusion de 1997.
En 2010, après treize années d’existence commune, les deux entités fondatrices décident de reprendre leur indépendance. Labège et Escalquens mettent ainsi fin à leur association et poursuivent désormais séparément leur parcours sportif. Cette séparation marque la fin du Club Labège-Escalquens FC, dont l’histoire reste notamment associée à son accession au niveau national en 2004 et à sa courte expérience en CFA2.
