La première section féminine du Football Club de Rouen est créée en novembre 1970. Elle fait partie des premières équipes féminines françaises à participer aux compétitions organisées par la Fédération française de football.
La section féminine est ensuite relancée au début des années 2000. En 2007, elle est recréée à partir de la section féminine de Bois-Guillaume, qui avait réussi à monter jusqu'au niveau national, avant d'être intégrée au FC Rouen avec l'accord de la FFF.
Dans les années 2010, les Rouennaises retrouvent la Division 2 féminine, notamment lors de la saison 2015-2016. Après une période plus difficile, le club reconstruit son projet et retrouve aujourd'hui une dynamique ambitieuse.
La saison 2025-2026 marque un nouveau tournant : les « Diablesses Rouges » remportent leur groupe de Régional 1 féminin, puis réussissent leurs barrages d'accession face à La Berrichonne de Châteauroux (succès cumulé 6-1), obtenant leur montée en Division 3 féminine.
