Fondé le 25 mars 1927, le Football Club de Villefranche est issu de la section football du Cercle Sportif de Villefranche, créée quelques années auparavant en 1919. Le club s'impose progressivement comme l'une des principales formations du Beaujolais et du Rhône. Son premier grand essor intervient en 1953, lorsque le FC Villefranche remporte le championnat de Division d'Honneur du Lyonnais et accède pour la première fois au Championnat de France Amateur (CFA). Cette première expérience au niveau national est particulièrement réussie puisque le club se maintient pendant cinq saisons consécutives avant de retrouver les championnats régionaux en 1958. Villefranche revient ensuite en CFA en 1966 puis en 1970, confirmant sa régularité parmi les meilleures équipes amateurs de la région.
La réforme des compétitions françaises du début des années 1970 permet au club de s'installer progressivement dans la nouvelle Division 3, troisième niveau national. Après plusieurs saisons à ce niveau, Villefranche redescend en championnat régional en 1976, mais retrouve rapidement les compétitions nationales avec la création de la Division 4 en 1978. Une troisième place obtenue lors de la saison 1979-1980 permet au club de retrouver la Division 3, où il va connaître la période la plus brillante de son histoire. En 1983, le FC Villefranche termine troisième de son groupe de Division 3 et obtient, à la faveur de l'inéligibilité des deux équipes qui le précèdent, sa première accession en Division 2.
La saison 1983-1984 constitue le sommet historique du FC Villefranche. Pour la première fois, les Caladois évoluent au deuxième échelon du football français et affrontent notamment plusieurs clubs habitués à l'élite. Placé dans le groupe A de Division 2, le FC Villefranche termine finalement à la dix-neuvième place et est immédiatement relégué en Division 3. Le club retrouve ensuite le troisième niveau pendant plusieurs saisons, avant de connaître une double relégation en 1988 et 1989 qui le ramène dans les championnats régionaux. Cette période marque le début d'une longue traversée du désert pour le football caladois, qui va évoluer pendant près de trois décennies entre les quatrième, cinquième et sixième niveaux nationaux.
Le renouveau du FC Villefranche intervient au début du XXIe siècle. Après plusieurs titres régionaux, le club retrouve le niveau national et accède en 2008 au Championnat de France Amateur 2, avant de poursuivre sa progression. Villefranche remporte ensuite son groupe de CFA2 en 2008 et retrouve progressivement une place parmi les formations ambitieuses du football amateur français. L'aboutissement de cette reconstruction intervient en 2018, lorsque le FC Villefranche Beaujolais remporte son groupe de National 2 et retrouve le National, troisième niveau du football français, près de trente ans après avoir quitté les divisions nationales.
Depuis son retour en National, le FC Villefranche Beaujolais s'est durablement installé dans le paysage du football français. La saison 2018-2019 est notamment marquée par un remarquable parcours en Coupe de France : les Tigres Caladois atteignent pour la première fois les huitièmes de finale et poussent le Paris Saint-Germain jusqu'à la prolongation au Groupama Stadium. Le club confirme ensuite sa solidité en National, disputant même à plusieurs reprises les barrages d'accession à la Ligue 2. En 2026, une nouvelle page s'ouvre avec la création de la Ligue 3, nouveau troisième échelon professionnel du football français : le FC Villefranche Beaujolais obtient à cette occasion le statut professionnel pour la première fois de son histoire. Près d'un siècle après sa création, le club caladois atteint ainsi un nouveau sommet et s'inscrit dans une nouvelle ère de son histoire.
NATIONAL
* 1 x Vainqueur groupe de National 2 : 2018
* 1 x Vainqueur groupe de CFA2 : 2008
RÉGIONAL
* 5 x Champion Ligue Rhône-Alpes : 1953, 1966, 1970, 1993, 2004
* 2 x Champion Ligue Auvergne-Rhône-Alpes, gr. B : 2024, 2025