Fondé en 1905, le Stade Raphaëlois est l'un des plus anciens clubs de football du Var et possède une histoire qui remonte aux premières années de développement du football en France. Le club s'impose rapidement parmi les principales formations de la Côte d'Azur et connaît une première période de gloire avant la Première Guerre mondiale. En 1912, le Stade Raphaëlois remporte le championnat de la Côte d'Azur de l'USFSA puis réalise l'un des plus grands exploits de son histoire en décrochant le titre de champion de France de l'USFSA, après sa victoire en finale face à l'Association Sportive Française. Ce titre national fait du club raphaëlois l'une des premières formations varoises à atteindre le sommet du football français.
Après cette période faste, le Stade Raphaëlois poursuit son activité dans les compétitions régionales et s'affirme progressivement comme l'un des clubs historiques de Saint-Raphaël. L'après-guerre marque une nouvelle étape dans son développement. En 1948, le club accède au Championnat de France Amateur (CFA), alors plus haut niveau du football amateur français. Cette promotion permet au Stade Raphaëlois de retrouver les championnats nationaux et confirme la place importante occupée par le club dans le football de la Côte d'Azur. Il alterne ensuite les périodes au niveau national et régional au gré de ses résultats sportifs.
Au cours des décennies suivantes, le Stade Raphaëlois demeure une institution importante du football varois, même si son parcours est moins prestigieux que celui des premières années du XXe siècle. Le club évolue notamment dans les championnats régionaux avant de retrouver progressivement les compétitions nationales. Au début des années 2000, il s'installe de nouveau dans le paysage du football amateur national et atteint le CFA 2, cinquième niveau de la hiérarchie française. Cette présence au niveau national permet au club de se rapprocher progressivement de son voisin fréjusien, avec lequel les discussions autour d'un rapprochement deviennent de plus en plus concrètes.
La saison 2008-2009 constitue l'ultime chapitre de l'histoire indépendante du Stade Raphaëlois. L'équipe réalise une excellente saison en CFA 2 et termine première de son groupe, obtenant sportivement son accession au CFA. Parallèlement, l'Étoile Sportive Fréjusienne, deuxième de son groupe de CFA, obtient son accession au National. Le projet de réunir les deux clubs aboutit finalement en 2009 à la création de l'Étoile Football Club Fréjus-Saint-Raphaël. Le nouveau club reprend le niveau sportif de l'ES Fréjusienne et évolue directement en National, tandis que le Stade Raphaëlois devient la réserve de la nouvelle entité.
La fusion de 2009 met ainsi fin à plus d'un siècle d'existence indépendante du Stade Raphaëlois. Le club laisse derrière lui une histoire particulièrement riche, marquée par son titre de champion de France USFSA en 1912, ses différentes participations aux championnats nationaux et sa dernière accession au CFA obtenue en 2009. Son identité demeure toutefois présente au sein de l'Étoile Football Club Fréjus-Saint-Raphaël, qui perpétue avec l'ES Fréjusienne l'héritage du football de haut niveau de Fréjus et de Saint-Raphaël. Le Stade Raphaëlois reste ainsi l'un des clubs historiques du football varois et l'un des pionniers du football français sur la Côte d'Azur.
