Fondée en 1932 sous le nom d'Union Sportive de Baume-les-Dames, l'AS Baume-les-Dames connaît ses premières décennies dans les championnats de district avant d'entamer une spectaculaire ascension à partir du milieu des années 1960. Sous l'impulsion de ses dirigeants et notamment de l'entraîneur-joueur Pierre Ninot, le club se structure et atteint pour la première fois la Division d'Honneur de Franche-Comté en 1967. Après avoir terminé deuxième du championnat la saison suivante, l'US Baume-les-Dames décroche en 1969 son premier titre de champion de Franche-Comté et accède au Championnat de France Amateur. Cette progression se poursuit immédiatement avec une accession en Division 3 en 1970, permettant au club de découvrir pour la première fois le troisième niveau national.
La saison 1969-1970 reste l'une des plus mémorables de l'histoire du football baumois. Pour sa première saison à ce niveau, Baume-les-Dames réalise également un parcours exceptionnel en Coupe de France. Le club élimine notamment l'AS Nancy-Lorraine, pensionnaire de Division 2, sur le score de 2-1 en trente-deuxièmes de finale, puis l'AS Mazargues avant de retrouver le Paris-Neuilly en huitièmes de finale. Malgré une défaite 2-1 à l'aller, les Francs-Comtois s'imposent 2-1 au match retour, mais sont finalement éliminés après le match d'appui. Cette performance permet à Baume-les-Dames d'atteindre pour la première fois les huitièmes de finale de la Coupe de France. Sur le plan du championnat, le club réalise également une excellente première saison en Division 3 en terminant à la deuxième place de son groupe.
Après six saisons consécutives en Division 3, l'US Baume-les-Dames est reléguée en 1976 en Division d'Honneur. Le club rebondit immédiatement en décrochant en 1977 son deuxième titre de champion de Franche-Comté et retrouve la Division 3, mais cette nouvelle expérience dans le troisième échelon national ne dure qu'une saison. Baume-les-Dames évolue ensuite en Division 4 jusqu'au milieu des années 1980, avant de retrouver la Division d'Honneur en 1986. Le club connaît alors une nouvelle phase de progression : promu en Division 4 en 1988, il fusionne la même année avec le FC Isle-sur-le-Doubs, pensionnaire de cette même division, pour former l'Entente Baume-L'Isle-sur-Doubs. Cette nouvelle équipe s'impose immédiatement puisqu'elle termine première de son groupe en 1988-1989 et accède à la Division 3.
L'Entente évolue trois saisons en Division 3 avant d'être reléguée en National 3 en 1993, à la suite de la réorganisation des championnats nationaux. En 1995, Baume-les-Dames et Isle-sur-le-Doubs mettent fin à leur association et le club reprend son nom d'Association Sportive Baume-les-Dames. Après une relégation en Division d'Honneur en 1997, l'AS Baume-les-Dames retrouve une nouvelle fois les sommets régionaux en remportant en 1999 son troisième titre de champion de Franche-Comté, synonyme d'accession en CFA2. La saison suivante est marquée par un nouveau beau parcours en Coupe de France : le club atteint les huitièmes de finale en 2000, après notamment avoir éliminé l'AS Évry aux tirs au but, avant de s'incliner face au Paris Saint-Germain. Relégué en Division d'Honneur à l'issue de cette même saison, le club poursuit depuis son histoire dans les championnats régionaux franc-comtois.
NATIONAL AMATEUR
- 1 x Vainqueur groupe de Division 4 : 1989
RÉGIONAL
- 3 x Champion Ligue Franche-Comté : 1969, 1979, 1989
- 7 x Vainqueur Coupe de Franche-Comté : 1967, 1968, 1971, 1972, 1973, 1990, 1998
