L’histoire du FC Villars-L’Isle-Saint-Maurice-Blussans trouve ses racines à L’Isle-sur-le-Doubs, où le club est fondé en 1936. Pendant plusieurs décennies, le football islois évolue principalement dans les compétitions régionales de Franche-Comté, avant de connaître son âge d’or au début des années 1980. En 1984, le FC L’Isle-sur-le-Doubs remporte le championnat de Franche-Comté et obtient ainsi le droit de rejoindre la Division 4, alors quatrième niveau de la hiérarchie nationale. Cette accession constitue le principal exploit de l’histoire du club et lui permet de découvrir pour la première fois un championnat national.
L’aventure nationale du FC L’Isle-sur-le-Doubs s’étend sur quatre saisons, de 1984-1985 à 1987-1988. Pour ses débuts en Division 4, le club termine à la 8e place de son groupe, avant de se classer 7e en 1985-1986, puis 10e en 1986-1987 et enfin 9e en 1987-1988. Sans parvenir à jouer les premiers rôles pour accéder à la Division 3, l’équipe parvient donc à se maintenir pendant quatre exercices consécutifs au niveau national. Cette période demeure à ce jour le sommet de l’histoire sportive du club islois.
À l’issue de la saison 1987-1988, le FC L’Isle-sur-le-Doubs fusionne avec Baume-les-Dames pour former l’Association Sportive Baume-les-Dames-Isle. Cette union met fin à l’existence autonome du club, mais permet de maintenir une équipe représentant les deux communes dans les compétitions régionales. En 1995, L’Isle-sur-le-Doubs reprend toutefois son indépendance : le FC L’Isle-sur-le-Doubs renaît et repart avec ses équipes seniors au plus bas niveau de la hiérarchie départementale. Le club entreprend alors une longue reconstruction, s’appuyant notamment sur la formation et sur le développement de ses équipes de jeunes.
Après plusieurs années consacrées à sa reconstruction, le FC L’Isle-sur-le-Doubs retrouve progressivement les championnats régionaux. Le club connaît une période particulièrement dynamique au début des années 2020, avec des accessions successives en 2020-2021 et 2021-2022, qui lui permettent de retrouver le Régional 2. En 2024, une nouvelle étape est franchie avec la fusion entre le FC L’Isle-sur-le-Doubs et le FC Villars-Sous-Écot/Saint-Maurice-Colombier/Blussans. Cette union donne naissance au Football Club Villars-L’Isle-Saint-Maurice-Blussans, qui reprend l’héritage des deux structures et évolue depuis dans les compétitions de la Ligue Bourgogne-Franche-Comté. Le nouveau club connaît rapidement un coup d’éclat en Coupe de France 2025-2026, en éliminant l’ASM Belfort, pensionnaire de National 3, au sixième tour aux tirs au but avant de s’incliner au tour suivant face à l’US Sarre-Union, également aux tirs au but.
