Fondé en 1932, le Football Club Yonnais (FCY) devient progressivement l'une des principales formations de La Roche-sur-Yon et du football vendéen. Après plusieurs décennies passées dans les championnats régionaux, le club franchit un premier cap majeur en 1961, lorsqu'il accède pour la première fois au Championnat de France Amateur (CFA). Cette première expérience nationale est cependant de courte durée et le FC Yonnais retrouve rapidement les compétitions régionales. Le club poursuit néanmoins sa progression et finit par s'imposer comme l'une des meilleures équipes de l'Ouest.
En 1972, le FC Yonnais accède à la Division 3, troisième niveau du football français. Cette accession marque le début d'une période particulièrement riche pour le club. Relégué en championnat régional en 1975, le FCY retrouve la Division 3 dès 1977 et s'y installe durablement. Au cours des années 1970 et 1980, il partage notamment la scène footballistique yonnaise avec l'AEPB Bourg-sous-la-Roche, les deux clubs évoluant simultanément en Division 3 et se disputant régulièrement la suprématie locale. Cette rivalité contribue à faire de La Roche-sur-Yon une place forte du football amateur dans l'Ouest de la France.
L'apogée du FC Yonnais intervient en 1983. Après avoir terminé deuxième de son groupe de Division 3 lors de la saison 1982-1983, le club obtient pour la première fois de son histoire son accession en Division 2. Il devient ainsi le premier des deux clubs yonnais à atteindre le deuxième échelon national. La saison 1983-1984 est historique, mais également difficile : confronté à des formations expérimentées du football français, le FC Yonnais termine 17e de son groupe et est immédiatement relégué en Division 3. Il ne retrouvera jamais la Division 2, mais cette unique saison constitue le sommet sportif de son histoire.
Après cette parenthèse au deuxième niveau, le FC Yonnais connaît un recul progressif. Relégué en Division 4 en 1987, il évolue encore à ce niveau lors des deux saisons suivantes. Pendant ce temps, son voisin de l'AEPB Bourg-sous-la-Roche connaît une trajectoire inverse et retrouve la Division 2 en 1987. La coexistence des deux clubs devient alors de plus en plus difficile à maintenir. En 1989, les deux formations mettent donc fin à leur rivalité avec la fusion de l'AEPB et du FC Yonnais. L'AEPB absorbe le FCY et donne naissance à La Roche Vendée Football, nouvelle entité appelée à représenter le football de La Roche-sur-Yon au niveau national.
La disparition du FC Yonnais en 1989 ne marque pas pour autant la fin de son héritage. Une partie de son histoire et de son identité se poursuit à travers La Roche Vendée Football, qui évolue immédiatement en Division 2 grâce à la place occupée par l'AEPB. Le nouveau club connaîtra ensuite plusieurs saisons au deuxième niveau national avant de poursuivre son histoire sous différentes appellations. Le FC Yonnais demeure ainsi un acteur majeur de l'histoire du football yonnais, avec comme principaux faits d'armes une première accession au CFA en 1961, plusieurs saisons en Division 3 et surtout une présence historique en Division 2 lors de la saison 1983-1984.
RÉGIONAL
* 2 x Champion Ligue Atlantique : 1972, 1977
* 2 x Vainqueur Coupe de l'Atlantique : 1984, 1985